《普罗米修斯》可以说是一部令人丧失信仰的电影。它套着科幻的华丽外壳，骨子里却满是“异端”的宗教思想，不仅轻易地打破了人类对自身起源的种种“小清新”式假设，还把神与人拉到了对等的水平，将神创论这个充满浪漫主义色彩的主题推向了无尽的虚无。
影片的结构是一个不易察觉的三段式，分为“人类起源”、“人类起源之追寻”、“异形起源”三个段落，基本是个结果倒置的样子，而通常在这类电影里答案都是不重要的。通过第一段我们可以看出，“神”创人的过程既无美妙且意表不明，甚至更像是一种惩戒性措施，于是后来一干科学家对这一结果的“追寻”便成了徒劳，而异形恰是这种徒劳下诞生的恶果，这是对“神”和它的造物莫大的讽刺，是“恶”的循环。
同样的讽刺也存在于人类与他的造物之间。生化人大卫和科学家查理，这是影片在人与神之外设立的一个对照组。当人们对自身起源充满敬畏时，我们满怀期许的渴望着一次朝圣，但发觉结果不如预期，我们如同被查理百般嘲弄的大卫，开始积累愤怒，甚至企图报复。这是信仰遭受冲击的结果，因为没有什么是比个人或集体存在的意义被否定更让人绝望的。
在对异形诞生的处理上，本片的设计更堪妙绝。它起源于“神创”的黑色物质，又经过了人与神的基因混培，前者作为终极兵器奠定了它的毁灭与凶残，后者强烈的乱伦特征又赋予了它混乱邪恶的属性。它几乎集合了世间最大的丑恶与凶险于一身，是当之无愧的终极怪物。
另外必须要提到的是颇具暗示性的片名。普罗米修斯，希腊神话中的泰坦族巨人，为人类盗取火种，使得人类成为万物之灵，后遭宙斯惩戒，最终获得拯救。于是我们不禁联想到自己：片头出现的“神”就是我们的普罗米修斯，他牺牲自我创造了人类，而人类在不断发展的过程中，也在不断地僭越神权，发展自己的造物（如生化人大卫），甚至诞下异形这样的怪胎，这是沿袭自古老先祖的探索精神，是深刻于基因密码的智慧之光，只是一旦灾祸降至，有谁来拯救我们？我们是否走得太远了？
当然，即便不去探讨这样的深度剧情，《普罗米修斯》一样可以提供简单纯粹的视觉快感。在内地同期上映的几部好莱坞巨制里，本片的视觉效果堪称最佳，大场面气势恢宏，3d效果出色，在充分照顾景深的同时兼顾了视野的开阔度，也没有任何刻意的技术展示，可以称得上是后阿凡达时代不可多得的真人3d大片。
不过略有遗憾的是，电影故事在后半段像他的诸多前辈一样陷入了“自娱自乐”的境地，各式结论只顾抛出不做解释，或者干脆避而不谈，似乎是导演刻意为之的点到即止，又像是专心在为续集暗做准备，不过稍微了解导演的人更多会猜测，这是“导演剪辑版之父”在为他的蓝光碟积累卖点吧。


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